La Verna è il più famoso dei conventi del Casentino, e vero cuore del culto francescano. La
fondazione di un primo nucleo eremitico risale alla presenza sul luogo di San Francesco, che nella primavera del 1213 incontrò il Conte Orlando di Chiusi della Verna, il quale volle fargli dono del monte della Verna che successivamente divenne luogo di numerosi e prolungati periodi di ritiro. Negli anni successivi sorsero alcune piccole celle e la chiesetta di Santa Maria degli Angeli (1216-18). L’impulso decisivo allo sviluppo di un grande convento fu dato dall’episodio delle stimmate (1224), avvenuto su questo monte, prediletto dal santo come luogo ideale per dedicarsi alla meditazione.
L'ultima visita di Francesco al monte avvenne nell'estate del 1224. Vi si ritirò nel mese di agosto, per un digiuno di 40 giorni in preparazione per la festa di s. Michele, e mentre era assorto in preghiera vi ricevette le stimmate (circa il 14 settembre): di conseguenza la Verna divenne un suolo sacro. Papa Alessandro IV la prese sotto la protezione papale, nel 1260 vi fu eretta e consacrata una chiesa, alla presenza di San Bonaventura e di numerosi vescovi.
Pochi anni dopo venne eretta la Cappella delle Stimmate, finanziata dal conte Simone di Battifolle, vicino al luogo ove era avvenuto il miracolo. Una cappella più antica, S. Maria degli Angeli, costruita nel 1218 per S. Francesco da Orlando, è raggiungibile dalla sacrestia della chiesa maggiore, iniziata nel 1348 ma rimasta incompiuta fino al 1459. 
Da quest'ultima i frati che si risiedono alla Verna si recano in solenne processione due volte al giorno (alle 14 e a mezzanotte)) verso la cappella delle Stimmate. Nella solennità delle stimmate (17 settembre) e anche in altre occasioni, molte comunità parrocchiali dei dintorni o fedeli e turisti provenienti da più lontano si recano a visitare questi luoghi, e i frati sono organizzati per ricevere ed accogliere circa 2000-3000 pellegrini.
Il convento venne parzialmente distrutto da un incendio nel XV secolo. Nel 1810 e nel 1866 i frati ne vennero temporaneamente espulsi a seguito delle soppressioni degli ordini religiosi.
La chiesetta di Santa Maria degli Angeli, costruita in seguito all’apparizione della Vergine a San Francesco, è il primo nucleo del convento. Introdotta da un basso porticato, si presenta ad aula unica, suddivisa in due parti da un tramezzo. Ristrutturata e ampliata dopo il 1250, conserva della struttura primitiva soltanto la campana del 1257 sul campaniletto a vela. All’interno, l’altare ospita un dossale di terracotta invetriata con l’Assunta che dona la cintola a San Tommaso tra i Santi Gregorio, Francesco e Bonaventura, opera di Andrea della Robbia realizzata intorno al 1485, come anche le due pale vicine all’ingresso, raffiguranti la Natività con San Francesco e Sant’Antonio e la Pietà.
Il Quadrante è un ampio piazzale lastricato da cui è possibile accedere a tutti i luoghi visitabili del Santuario; circondato da un muro di pietra, deve il suo nome alla meridiana, l'orologio solare inciso sulla parete del campanile della Basilica. Nel piazzale
è presente una grande croce di legno, piantata nella roccia, oltrepassata la quale è possibile osservare il suggestivo panorama della valle del Casentino (sono visibili, tra l'altro, anche i resti del castello del Conte Orlando di Chiusi).
A sinistra si trova invece il pozzo della foresteria: si tratta di una cisterna del XVI secolo che veniva utilizzata per pellegrini e ospiti, un valido esempio di architettura spontanea, opera dei frati e delle varie maestranze che nel corso del tempo vi lavorarono.
Croce di legno, Santuario della Verna
Dalla piazza del Quadrante si accede alla Basilica Maggiore, dedicata alla Madonna Assunta, consacrata nel 1568. Costruita tra il XIV e XVI secolo e più volte rimaneggiata, è introdotta da un portico che si prolunga sul fianco destro fino quasi al campanile, e presenta l’impianto a croce latina a navata unica, con volte a crociera.
All’interno si conservano le tracce più importanti della bottega di Andrea della Robbia.
L’opera più antica è l’Annunciazione (1475 circa). Nella cappella a sinistra del presbiterio è l’Ascensione (1490 circa). Sui due lati del presbiterio sono le due figure di San Francesco e Sant'Antonio abate (1475-80 circa). A destra è la Natività (1479). Nel
primo altare a sinistra è conservata la Madonna in trono con il Bambino tra i Santi Onofrio, Antonio abate, Maria Maddalena e Francesco, detta Madonna del Rifugio (1515-1520 circa). Dietro il presbiterio è il coro composto da due file di stalli in noce che nella parte centrale presentano tarsie raffiguranti l’Assunta, San Lorenzo e il Beato Giovanni, opera novecentesca di fra' Leonardo Galiberti da Legnaia. Di qualità è il bancone del 1509, intarsiato da Piero di Zanobi. Sopra l’ingresso della cappella Ginori è un interessante organo del 1586 attribuito a Onofrio Zeffirini di Cortona. Sempre sulla parete destra si apre la cappella delle Reliquie, risalente al 1635, dove sono conservati alcuni oggetti usati da San Francesco.
Al centro è la reliquia del sangue di San Francesco. Sotto il loggiato, terminato nel 1536 ma completamente ricostruito nel secondo dopoguerra, è un Crocifisso che abbraccia San Francesco, copia in bronzo tratta da una tela dello spagnolo Murillo, opera di Vincenzo Rosignoli, donata alla Verna nel 1888 da papa Leone XIII. Lo stesso artista ha eseguito nel 1903 la statua in bronzo raffigurante San Francesco con un fanciullo, posta all’ingresso del santuario.
A sinistra della Basilica è la cappella del conte Checco di Montedoglio o della Pietà, portata a termine nel 1532, anno a cui si potrebbe riferire la tavola invetriata policroma raffigurante la Pietà eseguita da Santi Buglioni.
Attraverso una porta ad arco si accede al Corridoio delle Stimmate, edificato tra il 1578 e il 1582. In questo corridoio si svolge dal 1431 la giornaliera processione. Il corridoio è affrescato con episodi della vita di San Francesco. Diciotto riquadri sono stati realizzati da Baccio Maria Bacci in due tempi tra il 1929 e 1962, in sostituzione degli affreschi seicenteschi di fra' Emanuele da Como, già rinnovati nel 1840 da Luigi e Giovanni Ademollo, la cui opera è ancora visibile negli ultimi tre riquadri. Proseguendo, attraverso la cappella di San Francesco si giunge alla cappella delle Stimmate.
La cappella, cuore del santuario, sorta sul luogo dell’evento miracoloso, venne edificata nel 1263, a navata unica, coperta da volta a crociera. Sul pavimento è segnalato da una lapide il luogo dove sarebbe avvenuto il miracolo delle Stimmate. Sopra la porta è un tondo di bottega di Andrea della Robbia con la Madonna con Bambino benedicente. Sulla parete di fondo è posta una monumentale pala centinata raffigurante Cristo crocifisso fra angeli con ai piedi la Madonna, San Giovanni San Francesco e San Girolamo dolenti, eseguita nel 1481 da Andrea della Robbia.